根据控制对象的不同，洁净室可分为工业洁净室和生物洁净室两大类。工业洁净室主要用于电子、航天、航空、机械、能源等行业；而生物洁净室主要用于医疗、生物制药、食品、化妆品等行业。
1、研究对象
工业洁净室：灰尘和颗粒物只被污染一次。
生物洁净室：微生物、细菌等活的粒子不断生长繁殖，会诱发二次污染（代谢物、粪便）。
2、控制目标
工业洁净室：控制有害微粒粒子浓度。
生物洁净室：控制微生物的产生、繁殖和传播，同时控制其代谢产物。
3、控制方法、净化措施
工业洁净室：主要采用过滤方法。粗、中、高三级过滤：粗、中、高、超高效四级过滤和化学过滤器等。
生物洁净室：主要通过破坏微生物产生的条件，控制微生物的生长繁殖、切断微生物的传播途径、过滤灭菌等。
4、对洁净室建筑材料的要求
工业洁净室：所有材料（墙壁、屋顶、地板等）不产粉尘、不积尘、耐摩擦。
生物洁净室：很多材料要防水、耐腐蚀，且不能为微生物的生长繁殖提供条件。
5、对人和物进入的控制
工业洁净室：人员进入时要换鞋、换衣服、吹淋；物体进入时要清洗、擦拭；人和物体要分流，洁污要分流。
生物洁净室：人员进入时要换鞋、换衣服、吹淋、灭菌；物体进入时要擦拭、清洗、灭菌；空气送入要过滤、灭菌，任务分流，洁污分流。
6、检测
工业洁净室：灰尘粒子可用粒子计数器检测瞬时粒子浓度并显示和打印。
生物洁净室：微生物检测不能检瞬时值，必须在培养48小时后读取菌落数。
7、对生产工业的危害
工业洁净室：关键部位，只要有一粒灰尘就能对产品造成极大的危害。
生物洁净室：有害的微生物达到一定的浓度后才能构成危害。