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lammps如何创建合金模型

2021年08月19日 10:37--浏览 · --点赞 · --评论
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文章来源:“分子动力学”公众号

链接:https://mp.weixin.qq.com/s/QBwn8UGB1sJ3YHKuVkAfkQ


合金体系的创建,主要有两种方法,如下:

1. 程序创建data file文件

根据合金体系的结构,按着data file的文件格式编程产生相关data file文件,由read_data命令读入即可。

可以说,这是一种万能的方法,具体不多说,主要是要了解data file的格式,并且有一定的编程基础。

lammps.sandia.gov/doc/r


2. lammps命令创建

lammps提供的命令也能很方便的创建合金结构,当然可能仅限于一些比较规则的晶体结构。这里以B1结构(rocksalt)的NaCl为例进行说明(NaCl显然不是合金,但合金类似)。



创建结构的命令不外乎lattice, create_box, create_atoms,这里只是强调在合金体系创建的应用。


先直接给出命令,如下:


具体说明:

(1) lattice第一行为晶格矢量,其中$x为晶格矢量;第二行和第三行每一个basis对应原胞中的一个原子。对于B1结构,是包含8个原子,即4个Na,4个Cl。

(2) region是定义盒子的区域

(3) create_box定义盒子,指定原子类型的数量。这里的2是因为有两种类型。

(4) create_atoms在盒子中,以lattice晶格创建原子。这里的basis有两个参数,第一个指定是lattice中的哪一个原子,这里从1到8;第二个参数指定原子类型,因为有两种类型,所以为1或者2.


建议可以先看manual,熟悉上面涉及到的几个命令。

lattice: lammps.sandia.gov/doc/l

create_boxlammps.sandia.gov/doc/c

create_atomslammps.sandia.gov/doc/c


这里,我们看到只是指定了两种原子类型,但并没有告诉程序是哪两种,它怎么会知道呢?

所以这需要在后面的势参数中指定。



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