一、甘丹寺 西藏达孜县 建于明永乐七年（1409年）
甘丹寺是藏传佛教格鲁派六大寺中地位最特殊的一座寺庙，它是由格鲁派的创始人宗喀巴于1409年亲自筹建的，可以说是格鲁派的祖寺，清世宗曾赐名为永寿寺。1419年，宗喀巴在甘丹寺圆寂，寺内现尚存宗喀巴的肉身灵塔。
甘丹是藏语音译，其意为“兜率天”，这是未来佛弥勒所教化的世界。因为甘丹寺是格鲁派的祖寺，所以甘丹赤巴也是整个格鲁派的管理者，地位仅次于达赖和班禅。目前，甘丹寺内还保存着历代甘丹赤巴的遗体灵塔90余座。
二、哲蚌寺 西藏拉萨 建于明永乐十四年（1416年）
哲蚌寺由宗喀巴弟子降央却吉·扎西班丹始建，其门下7位弟子分别住持寺中7个扎仓（经院），此寺为历代达赖的母寺。
哲蚌寺是我国藏传佛教格鲁派六大寺庙中规模最大的一座。该寺也是一座名僧大德辈出之寺，五世达赖长期驻锡在此，直到受清朝皇帝册封、布达拉宫扩建以后才搬到拉萨城内。
寺中的甘丹颇章（宫）为二世达赖根敦嘉措主持修建，掌领西藏地方政教大权。
三、色拉寺 西藏拉萨 建于明永乐十六年（1418年）
色拉寺由宗喀巴弟子降钦却吉兴建，后降钦却吉应召赴北京，受封大慈法王。回藏后将钦赐经像等珍藏于寺内，至今仍存。
寺内有结巴、麦巴、阿巴3个扎仓(经院)。全盛时期，寺中有僧人8000余，规模略次于哲蚌寺。
四、扎什伦布寺 西藏日喀则 建于明正统十二年（1447年）
扎什伦布寺全名为“扎什伦布白吉德钦曲唐结勒南巴杰瓦林”，意为“吉祥须弥聚福殊胜诸方州”。
扎什伦布寺由宗喀巴最小的弟子、后来被追溯为一世达赖的根敦珠巴在当时的后藏大贵族曲雄郎巴·索朗白桑和琼杰巴·索朗班觉的资助下兴建。
寺院开始定名为“岗坚典培”，意为雪域兴佛寺，后被根敦珠巴改成现在的名字，历时12年建成。
1600年，四世班禅罗桑·确吉坚赞任扎什伦布寺堪布（藏传佛教寺院住持，相当于汉传佛教寺院的方丈）时，对该寺进行了大规模扩建。
四世班禅是第一个被册封的班禅，从此扎什伦布成了历代班禅的驻锡之地。历代班禅对扎什伦布寺均有扩建。
五、塔尔寺 青海湟中县 建于明嘉靖三十九年（1560年）
塔尔寺是宗喀巴大师的降生地。宗喀巴成名后，有许多有关他灵迹的传说。
据说在宗喀巴大师诞生后，剪脐带滴血的地方长出了一株白旃檀树。明洪武十二年（1379年），宗喀巴母亲按儿子来信所示，在信徒们的帮助下，以这株旃檀树和宗喀巴所寄狮子吼佛像为胎藏，砌石建塔，这是塔尔寺最早的建筑。
后来，该塔一再改建易名，成为现在大金瓦殿中的大银塔，是全寺的主供神物，汉语塔尔寺即由此塔得名。明嘉靖三十九年（1560年），禅师仁钦·宗哲坚赞于塔旁建一静房，聚僧坐禅。17年后，再建弥勒佛殿一座，塔尔寺初具规模，取藏名“衮本贤巴林”，意为“十万佛身像弥勒洲寺”。
六、拉卜楞寺 甘肃夏河县 建于清康熙四十八年（1709年）
拉卜楞寺由第一世嘉木样活佛创建于1709年，后经历代嘉木样修建，现在已经成为甘、青、川地区最大的藏族宗教和文化中心。
拉卜楞寺内藏有各类经卷6万余册，分全集、哲学、密宗、医药、声明、缀韵、历史、宗教、传记、工巧、数学、诗词12类，成为藏书最多的寺院。
拉卜楞寺设有显宗闻思学院、密宗续部学院、续部上院、喜金刚学院、时轮金刚学院、医学院等六大学院，为世界上最大的藏传佛教僧人教学府，其严格的入学、教学、考试和毕业制度为藏族聚居区培养了大量宗教人才。
除寺主嘉木样活佛外，该寺尚有著名的的“四大色赤”活佛系统，即贡唐仓、萨木察仓、霍尔藏仓、德哇仓。
