IPA—Analysis Match功能
Analysis match:
可以把我们的数据集和公共数据库中的其他数据集放在一起比较。可以调用超过5万7千套数据集,从中寻找和我们结果相似或相反结果的数据集,这个种比较可以更好地确认我们分析结果的可靠性,同时有利于我们解释分析结果具有显著的相似性和差异,使您能够比较,验证解释我们的结果和更好地理解疾病、基因和上游调节网络之间的因果联系。
差异表达的数据其中包括对照与处理之间,疾病与正常对照之间,不同处理之间,不同疾病之间,不同细胞类型不同组织之间之间。
Analysis Match功能分析包括经典信号通路分析,CP,上游调控因子的分析 UR ,causal network的分析,CN和下游生物学效应的分析DE。所有合格的功能数据集都会进行分析,并得到这四个模块的结果。也就是我们自己的数据,和公共数据集里的数据都会获得这四个模块的分析结果。
以下Analysis Match分析结果界面,最左边的是数据集名称,后面列出了数据采集用的不同疾病模型,不同实验处理方式,不同的组织器官等等。最重要的是表格列出了各数据集不同模块的 z-score和p value值比较,cp 经典通路,uR是上有调控的 casual network的 z-socre 右边是相应的pvalue。
同时,为了更方便地体现数据差异,这个数据我们还可以用热图表示,但是在这里,每个方格代表的就不是一整个分析模块的结果了,而是每个上游调控因子,每个经典信号通路,在每个数据集里的打分富集情况。在这里我们还可以使用趋势排序,找到符合我们预期趋势的。
总结:AM功能主要是帮我们把我们数据集和公共数据集的结果进行比较,一方面进一步确认我们的结果,另一方面我们可以发现一些和我们结果相似或相反的研究,获得一些生物学研究的启示。
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