【实验技术笔记】miRNA靶序列寻找及miRNA检测

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已于 2022-06-21 14:04:22 修改

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分类专栏：分子生物学文章标签：学习

于 2022-06-21 14:00:56 首次发布

本文链接： https://blog.csdn.net/zea408497299/article/details/125383571

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本文介绍了miRNA的基本知识，包括其生物合成、作用机制和靶基因调控。重点讲述了miRNA靶序列寻找工具TargetScan和miRBase的使用方法，以及miRNA qPCR检测的关键步骤，如引物设计和反转录过程。miRNA的作用复杂，靶基因选择需考虑物种、细胞类型和生物学过程的差异。

摘要由CSDN通过智能技术生成

文章目录

1. microRNA 的基本知识

2. miRNA 的基本操作

2.1 miRNA 靶序列寻找
- 2.2.1 TargetScan
- 2.1.2 miRBase
2.2 miRNA qPCR 检测
- 2.2.1 引物设计
- 2.2.2 反转录

1. microRNA 的基本知识

microRNA（miRNA）是一类长度在 22nt 左右的小 RNA 分子，它并不编码蛋白质，因此 miRNA 与 siRNA 和 circRNA 等小 RNA 分子一样，也是一种非编码 RNA。
miRNA 的生物合成：pre-miRNA 加工成短一点的 pri-miRNA，最后再加工成成熟的 miRNA。大部分路径最后得到的 miRNA 成熟体的结构都一样，都是一段 22nt 左右的双链 RNA 分子。
miRNA 的作用方式：与 siRNA 类似，通过和靶基因 RNA 的碱基互补配对从而引导沉默复合体（RISC）降解 RNA 或阻碍 mRNA 翻译成蛋白质。不同的是，miRNA 主要结合在 mRNA 的 3’UTR 部分。
miRNA 的基本作用机制：
- 1、抑制蛋白翻译（4 种不同的方式）：(1) 使正在翻译的蛋白发生降解；(2) 抑制翻译延伸；(3) 使翻译过早终止（使核糖体从 RNA 上提早掉下来，没法行使翻译功能）；(4) 抑制翻译起始。
- 2、通过不完全的 miRNA-mRNA 互补配对诱导靶 RNA 降解。
- 3、在 mRNA 加工体或 P 体等独立细胞质位点，通过隔绝靶 mRNA 与翻译机器使其沉默。
- miRNA 基本作用机制的综述：Getting to the Root of miRNA-Mediated Gene Silencing. Ana Eulalio, Eric Huntzinger, and Elisa Izaurralde. Cell. 2007. (DOI 10.1016/j.cell.2007.12.024).
由于 miRNA 的作用机制是比较复杂的，所以在检测 miRNA 作用时，检测一下它的靶基因的 RNA 水平的表达，还要检测一下靶基因的蛋白表达。
miRNA 可以调控基因的表达水平，但调控方式并不需要严格的序列特异性，不需要与目的基因严格匹配。miRNA 经典的作用途径是通过与各种 mRNA 的 3’ UTR 进行互作，这些互作位点与 miRNA 的“seed sequence” 种子序列区（通常是 miRNA 5’端的第 2-7 位碱基）相匹配，所以我们在寻找 miRNA 的靶点基因时，通常是去寻找与“seed sequence”完美匹配的基因。
许多 miRNA 与靶序列的结合都只是粗略的结合，并不会进行持续配对，而是会在“seed sequence”区出现凸起和摆动，这是一个动态的过程，所以在不同物种、不同细胞类型、甚至同种细胞的不同事件过程中࿰