【无标题】

最新推荐文章于 2023-08-20 09:32:55 发布

张当当

最新推荐文章于 2023-08-20 09:32:55 发布

阅读量358

点赞数

分类专栏： R语言文章标签： r语言

本文链接： https://blog.csdn.net/weixin_44607829/article/details/128923131

版权

R语言专栏收录该内容

5 篇文章 1 订阅

订阅专栏

文章讨论了如何确定基因的表达量，通过RNA逆转录成CDNA并计数reads。然而，count值受到基因长度和测序深度的影响，可能导致表达量的误解。例如，基因X长度较长可能导致其reads数多于实际表达量相同的基因Y。文章强调了关注基因被覆盖的相对reads数而非未经矫正的count值的重要性。

摘要由CSDN通过智能技术生成

标题read count、标准化

确定gene的表达量就是把一段gene的rna逆转录的cdna打碎成片段，这些小片段会匹配到gene序列上，多少个reads就是counts，就是gene的表达量。但是count受gene长度和测序深度的影响。

样本A中gene的表达量是样本B的两倍，但是这是由测序深度引起的结果，而非真实存在的差异。

基因X和Y的真实表达量是一致的，但是基因X的reads会比Y的多，这是由于X基因长度更长导致的。

只想了解每个gene被覆盖到的相对reads数，而不做gene长度矫正

都做

这个人讲的挺好，有例子

立减 ¥

0
点赞
踩
2

收藏

觉得还不错? 一键收藏
0
评论
复制链接

分享到 QQ

分享到新浪微博

扫一扫

专栏目录

c#实现无标题栏窗口的拖动

09-05

本篇文章将详细讲解如何在C#中实现这种无标题栏窗口的拖动以及其他基本操作。首先，为了实现无标题栏窗口的拖动，我们需要处理窗体的鼠标事件。窗体的`FormBorderStyle`属性应设置为`None`，这会去除窗体的边框和...

Qt无标题窗口

05-21

在本文中，我们将深入探讨如何使用Qt框架创建一个无标题窗口，这在界面设计和自定义标题栏美化中非常有用。我们将关注`framelesswidget.cpp`、`main.cpp`、`framelesswidget.h`等核心文件，理解它们在实现无标题窗口...

参与评论您还未登录，请先登录后发表或查看评论

高通量测序

weixin_54199212的博客

03-14

4538

高通量测序基本知识点摘要（待补充）

富集分析（GO、KEGG、GSEA）

weixin_59289660的博客

04-27

1万+

library("clusterProfiler") library("org.Hs.eg.db") GO分析 GO分析需要一个基因 symbol列表，列表中为差异表达基因。一、读入数据 result<- read.csv(file = "Results/gleason high vs low_DESeq2差异分析/gleason high vs low_result.csv", header=T, row.names=1,check.names=FALSE) t_index=r..

FPKM,TPM, Counts: 谁更适合做差异分析？

最新发布

weixin_47195452的博客

08-20

1万+

RNA-Seq早已替代了微阵列技术成为转录组研究最常用的技术，数据处理的流程一般是fastq→SAM/BAM→gene count→gene expression。其间的每一步都涉及到很多的算法与工具，而它们的正确使用便是大家探寻生物学意义的关键，本文的主要研究内容便是"gene count→gene expression"这步。在这之前，我们需要先思考为什么gene count不能与基因的表达量划等号。

一篇3分文章的水稻转录组分析实战

xuzhougeng blog

08-22

1万+

水稻转录组分析实战文章标题: Genes, pathways and transcription factors involved in seedling stage chilling stress tolerance in indica rice through RNA-Seq analysis 该文章发表在BMC plant biology，植物科学2区SCI，近四年IF稳定...

详解测多少数据量，几个G，多少reads，如何换算

qq_36608036的博客

01-17

1万+

测多少数据量？几个G？多少reads？如何换算？原创wangchuang2017 最后发布于2018-11-17 14:59:29 阅读数 3948 收藏展开关键词： lncRNA表达量低，所以要看lncRNA的表达量变化，就要比普通RNA-seq多测一些。要兼顾SNP和低表达量的lncRNA，要测得更深一些~ 到底需要测多少数据量呢？我们看看权威的ENCODE对RNA-seq的测序深...

C#创建无标题栏窗体

03-16

摘要:C#源码,菜单窗体,无标题栏窗体　C#创建无标题栏窗体源码，实际上是动态显示或隐藏窗体的标题栏，当隐藏的时候就类似窗体没有了标题栏，当显示标题栏的时候，鼠标按住标题栏即可拖动窗体，以前记得网友需要此...

Delphi实现拖动按钮移动无标题栏窗口

05-11

摘要:Delphi源码,界面编程,窗体拖动,无标题栏 无标题栏的窗体的拖动功能实现，Delphi添加一个可拖动窗体的按钮，通过对此按钮的控制可移动窗体，实现按住标题栏移动窗口的功能，无标题栏也就不能显示最大化、最小化...

VC去掉'无标题'字样的方法.zip

11-21

在使用Visual C++进行编程时，我们经常会在创建新的窗口或者对话框时默认看到标题栏显示为“无标题”。这可能会对用户界面的美观性和专业性造成一定的影响。本资料包提供了一种方法来帮助开发者去掉这个“无标题”...

生物信息分析中的reads是什么

热门推荐

wangprince2017

09-26

4万+

由于受目前测序水平的限制，基因组测序时需要先将基因组打断成DNA片段，然后再建库测序。reads（读长）指的是测序仪单次测序所得到的碱基序列，也就是一连串的ATCGGGTA之类的，它不是基因组中的组成。不同的测序仪器，reads长度不一样。对整个基因组进行测序，就会产生成百上千万的reads。测序得到的原始图像数据经 base calling 转化为序列数据，我们称之为raw data或raw reads，结果以 fastq 文件格式存储， fastq 文件为用户得到的最原始文件，里面存储...

多组学-转录组RNA-seq 中Counts值,RPM,RPKM,FPKM,TPM

GeekFocus

08-28

1万+

一个基因区域内的read counts数目取决于基因长度和测序深度。基因长度影响：同一样本，基因越长，随机打断得到的片段越多，该基因被测到概率越大，比对到该基因的reads越多。测序深度影响：不同样本，样本的测序深度越高，同一基因被测到次数越多，比对到该基因的reads越多。 Counts 比对到每个基因的reads有多少条，在转录组测序中，称为Count数。每个测序样品的起始RNA量不同，文库量不同，测序数据量不同。 RPM(Reads per million mapped reads) 10^6

统计测序数据reads数和碱基数的几种方法

悟道西方

08-13

1万+

很简单的问题，却被常常问起。记录一个帖子。文末有福利。手动写一个FASTQ格式的测试数据cat <<END >sample.fq @ESX1 CAGGAGGAGTACGT...

关于单细胞TPM、Count数据的处理

m0_58549466的博客

07-11

8935

今天正好看了一个很优秀的帖子答读者问(6)：单细胞TPM矩阵如何分析？，就着github写一点总结，方便以后自己处理TPM数据的时候用。想要了解单细胞TPM的数据处理，对10X和smartseq2进行总结也很有必要。下面这个图出自张泽民 Direct Comparative Analyses of 10X Genomics Chromium and Smart-seq2的文章。可以直接的看到，10X基于droplet的方法进行测序，smartseq2基于96孔板，二者都属于二代测序，也就是边扩增边测序。 .

转录组入门(6)： reads计数

weixin_34143774的博客

07-21

2168

要求实现这个功能的软件也很多，还是烦请大家先自己搜索几个教程，入门请统一用htseq-count，对每个样本都会输出一个表达量文件。需要用脚本合并所有的样本为表达矩阵。参考：生信编程直播第四题：多个同样的行列式文件合并起来对这个表达矩阵可以自己简单在excel或者R里面摸索，求平均值，方差。看看一些...

测多少数据量？几个G？多少reads？如何换算？

wangprince2017

11-17

3万+

关键词： lncRNA表达量低，所以要看lncRNA的表达量变化，就要比普通RNA-seq多测一些。要兼顾SNP和低表达量的lncRNA，要测得更深一些~ 到底需要测多少数据量呢？我们看看权威的ENCODE对RNA-seq的测序深度是如何评价的： Standards, Guidelines and Best Practices for RN...

统计碱基数目、GC含量、read数、最长的read、最短的read及平均read长度

aosi1971的博客

01-19

2345

# 用于fasta格式文件的碱基数目和GC含量的统计 grep -v '>' input.fa| perl -ne '{$count_A=$count_A+($_=~tr/A//);$count_T=$count_T+($_=~tr/T//);$count_G=$count_G+($_=~tr/G//);$count_C=$count_C+($_=~tr/C//);$count...

3分的水稻转录组分析实战

xuzhougeng blog

08-22

1916

设置无标题 android

05-02

在Android应用中，设置无标题是一种简洁和美观的设计方式，可以为用户提供更流畅的使用体验。以下是一些实现设置无标题的方法： 1. 在Android的Manifest文件中，找到对应Activity的标签，并添加”android:theme="@android:style/Theme.NoTitleBar"“属性。这样可以通过Android自带的主题去掉标题栏。 2. 使用自定义的主题，可以在样式表中添加以下代码： <style name="AppTheme" parent="Theme.AppCompat.NoActionBar">  </style> 这种方式可以通过设置主题去除ActionBar和标题栏，同时保留其他布局元素。 3. 去掉代码中的setTitle()方法，这是一种最简单的方法，通过不设置Activity的标题来实现无标题。以上就是三种常见的实现Android无标题的方式，开发者可以根据实际需求进行选择。值得注意的是，去除标题栏可能会影响用户的导航体验，因此在设计上需要考虑周全。